תחקיר פנימי שבוצע בצה"ל על נסיבות הפיגוע בהתנחלות אלי-סיני מעלה ליקויים קשים במערך האבטחה. חלפו לא פחות מ-28 דקות מזמן קבלת ההתרעה על חיתוך הגדר החיצונית ועד להתחלת הירי של המחבלים בתוך ההתנחלות.

את 150 המטרים בין שתי הגדרות עשו המחבלים בזחילה איטית, תוך הקפדה שלא להיחשף. קצין הביטחון של גוש קטיף לא הצליח ליצור קשר עם מפקד החטיבה. היחיד שהצליח להודיע לחטיבה היה מזכיר אלי-סיני, אך ההתרעה הגיעה בדיוק בשלב שבו חצו המחבלים את הגדר הפנימית ופתחו באש. כבר במטח הראשון נהרגו שני הצעירים.